Une mutation inédite du Sras-Cov-2 a été isolée chez huit patients décédés dans un hôpital en Bretagne (France). Cette souche a la particularité de n’être presque pas détectable avec les tests PCR.

Sa particularité tient d’abord à sa faible détectabilité par les examens nasopharyngés. Sept de ses huit premiers porteurs étaient négatifs au test PCR classique.

Les autorités sanitaires ont en effet confirmé qu’une même mutation du Sras-CoV-2 avait été relevée chez huit patients morts à l’hôpital de Lannion, au sein d’un cluster de 79 cas recensés depuis février dans un centre hospitalier de Bretagne.

Les doutes du personnel de santé face à leurs « symptômes typiques du Covid-19 » puis de nouveaux prélèvements, sérologiques ou respiratoires plus profonds, ont confirmé la présence du Sras-CoV-2, sous une forme inédite révélée par le séquençage.

« Ce variant serait le premier dans le monde à déjouer le test le plus utilisé pour diagnostiquer le Covid-19 », décrit Pierre Tattevin, chef du service des maladies infectieuses au CHU de Rennes.

Une « originalité » qui empêche, en l’état, de conclure sur sa létalité à partir des seuls décès constatés. « Des cas peu graves risquent d’être invisibilisés par des tests PCR négatifs s’ils ne sont pas suivis de prélèvements profonds au niveau des poumons », explique l’infectiologue.

Les raisons de la résistance du variant à l’écouvillon ne sont aujourd’hui qu’hypothèses.

Virologue au CHU de Rennes et parmi les premiers à l’avoir séquencé, au côté du Centre national de référence (CNR) Pasteur, Vincent Thibault constate qu’« on le retrouve en tout cas très peu dans les voies aériennes supérieures » : « Soit le virus descend plus rapidement au niveau pulmonaire. Soit il réplique très peu au niveau des voies aériennes supérieures et ne devient pathogène qu’une fois arrivé dans les bronches, où on le détecte. »

Contagiosité, sévérité, éventuel échappement immunitaire du variant, qui le rendrait résistant à la vaccination ou à une première infection : face à toutes ces inconnues, les autorités sanitaires ont diligenté plusieurs « investigations ».

Les résultats seront connus dans quelques jours.